Nuestra Señora de la Soledad, además de ser Patrona de Oaxaca, lo fue de los marinos, los cuales la llenaron de perlas en ofrenda por sus grandes milagros.
Al fundarse la ciudad de la Antequera de Oaxaca en el año de 1532, por orden de Carlos V, se inició la construcción de espacios de culto, apoyando así la obra de la evangelización en estas tierras.
Es bajo este concepto que después de 50 años de fundada la ciudad se hace mención de una cofradía dedicada a San Sebastián y la Soledad de Nuestra Señora, establecida en una ermita del mismo nombre.
Narra la piadosa leyenda que en 1617 (otras versiones supuestamente registran los hechos en 1543, aludiendo a la mención de la dicha cofradía), un arriero que venía del puerto de Veracruz hacia Guatemala, llevaba una recua de mulas y en los cerros cercanos a la Ciudad de la Antequera de Oaxaca, una mula sin saber de dónde se unió a la recua cargada con una caja.
Al observar el arriero que nadie la reclamaba, siguió su camino y ya en la ciudad al pasar a tomar agua para los animales frente a la Ermita de San Sebastián Mártir, la mencionada mula se echó por el peso de la carga misteriosa que llevaba.
Desesperado el hombre, porque no había poder humano que la hiciera levantar, y poder así reanudar su camino, y para no meterse en problemas, llamó a las autoridades civiles para abrir la caja.
Al llegar estos, se abrió el contenido, percatándose que contenía una imagen de Cristo Resucitado junto con una cabeza y manos labradas y con un rótulo que decía “Nuestra Señora de la Soledad al pie de la Cruz“. La mula al no sentir su peso se levantó y momentos después cayó muerta.
Ante el asombro al descubrir tales objetos, las autoridades en ese momento objetaron que tal asunto no era de su competencia y llamaron a la autoridad eclesiástica para que decidieran qué hacer ante el hecho.
El Obispo de la ciudad, Fray Bartolomé Bohórquez, ordenó que era señal del cielo que la imagen de María Santísima en su Soledad fuera albergada temporalmente en la humilde ermita frente a la cual se produjeron tales acontecimientos y para mayor honra de la Virgen ordenó que sobre el inmueble se construyera un Santuario a la Madre de Cristo que se había dignado en dejar su efigie en la ciudad oaxaqueña; mientras, la imagen del Cristo Resucitado fue enviado a la Ermita de la Santa Veracruz, hoy Templo del Carmen de Arriba.
Las imágenes son de suponer que procedían de algún taller español con destino a Guatemala.
El primer templo dedicado a la Virgen de la Soledad en la ciudad de Oaxaca fue construido en los primeros años posteriores a la Conquista de México.
Cuando en 1532 el rey Carlos I de España concedió el título de ciudad a la Antequera de Oaxaca, se elevó en las inmediaciones del cerro del Fortín un pequeño santuario que fue dedicado a San Sebastián.
El templo incluía una pequeña capilla dedicada a la Virgen de La Soledad.
El edificio de la Basílica inició su construcción hacia 1682 y en 1690 fue consagrada por el obispo Sariñana y Cuenca, las obras estuvieron a cargo del fraile betlemita Sebastián de San Felipe.
La Basílica de La Soledad posee una planta de cruz latina y el material esencial del edificio es la cantera verde, una piedra muy común en algunas partes de Oaxaca.